將益生菌加入食物基質時，應關注九個挑戰。它們是：1. 菌株選擇、2. 菌株生產、3. 如何接種到食品中、4. 如何在加工過程中保證存活、5. 如何避免儲存過程中的活力損失、6. 如何計算在食物中的【益生菌】菌落數、7. 對食品感官特性的影響、8. 在消費者家中【保存產品的】穩定性，9. 以及在 胃腸道中發揮作用。

  具體而言，在果汁中，有機酸通常使產品的pH值低于4，這將抑制益生菌的生存。在選擇上，那些耐受低pH值的益生菌應被考慮，如乳酸桿菌則優于雙歧桿菌。